Vous êtes si proche ! N'oubliez pas que votre "contenu" le plus externe est un tableau lui-même. Ainsi, les 2 changements de caractères suivants fonctionnent, utilisez content.$.assets à l'intérieur de la valeur de $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zoomez en avant.