Pourquoi utiliser une sous-sélection ? INSERT INTO ... SELECT existe :
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
Et de cette façon, il ne devrait pas se plaindre d'utiliser une table à la fois dans la partie INSERT et SELECT