Ok, je pense que votre problème est que vous utilisez AJAX pour télécharger le fichier.
Il n'est pas possible de télécharger un fichier en utilisant AJAX (ou plutôt - JS) de manière normale. Vous savez, il y a un trop grand trou pour les exploits pour permettre cela (je pense que oui) - de toute façon, il n'y a pas une telle possibilité.
Il existe cependant des solutions de contournement. L'un d'eux consiste à créer dynamiquement une iframe cachée sur la page, puis à changer son emplacement pour votre script de téléchargement. Ensuite, vous n'utilisez pas JS pour télécharger, mais des capacités de navigateur simples.
Une autre méthode est décrite sur cette page :
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
Peut-être que ce sera une aide pour vous.