Je récupérerais juste le nombre total de secondes travaillées, et convertirais en heures/minutes comme requis dans la couche de présentation de mon application (c'est, après tout, un simple cas de division par 60) :
<?
$dbh = new PDO("mysql:dbname=$dbname", $username, $password);
$dbh->setAttribute(PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES, FALSE);
$qry = $dbh->prepare('
SELECT SUM(TIME_TO_SEC(entry_end_time)-TIME_TO_SEC(entry_start_time))
FROM entry
WHERE entry_date BETWEEN :start_date AND :end_date
AND user_id = :user_id
');
$qry->execute([
':start_date' => '2012-01-01',
':end_date' => '2012-12-31',
':user_id' => 3
]);
list ($totalMins, $remngSecs) = gmp_div_qr($qry->fetchColumn(), 60);
list ($totalHour, $remngMins) = gmp_div_qr($totalMins, 60);
echo "Worked a total of $totalHour:$remngMins:$remngSecs.";
?>