J'ai le même problème, voici ma solution :
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Ajouter plus de RAM au serveur
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Diminuez la valeur de innodb-buffer-pool size dans le fichier de configuration :
sudo nano /etc/mysql/my.cnf
innodb_buffer_pool_size = 10M
Après avoir enregistré /etc/mysql/my.cnf
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Redémarrez le service mysql :
sudo service mysql restart
exit