Empêcher l'écrasement du tableau et créer à la place un nouvel index de tableau

Les données du tableau sont écrasées car vous réaffectez la valeur de $key chaque fois qu'il est rencontré.

Ce que vous voulez faire est de créer un tableau secondaire en tant que $key valeur et poussez les nœuds dans ce tableau de cette façon, vous obtenez le résultat attendu.

[
    'NM1' => ['...', '...'],
    'PR1' => ['...', '...']
]

Le code serait,

while (($row = fgetcsv($handle, 1000, ";", "\"", "\n")) !== FALSE) {
    $key = array_shift($row);
    // Notice the extra []
    $data[$key][] = $row;
}

Chaque clé contiendra désormais un tableau avec un nœud pour chaque ligne rencontrée.