Je recommanderais de garder tout ce qui est spécifique à la base de données caché derrière un service Web.
Si vous créez une dépendance à MySQL dans votre application et que vous constatez ultérieurement que vous devez modifier les bases de données, toute la base installée doit être coupée. Réfléchissez à la logistique pour accomplir cela pendant quelques minutes et vous commencerez à réaliser que c'est un cauchemar.