Je me rends compte que cette question est assez ancienne maintenant, mais elle n'a pas reçu de réponse.
Je dirais que le constructeur de schémas Laravel est plus pour la commodité et la compatibilité multiplateforme que pour les performances.
Si vous souhaitez optimiser ALTER requêtes, je suggérerais d'utiliser la DB façade et écriture de SQL brut.
Schema::table('table', function (Blueprint $table) {
DB::statement('ALTER TABLE table DROP COLUMN a, DROP COLUMN a;');
});