Vous pouvez simplement utiliser le >
(supérieur à) l'opérateur de comparaison ou le !=
(n'est pas égal à) opérateur de comparaison comme ça
WHERE `date_field` != '0000-00-00 00:00:00'
L'exemple obtiendra toutes les lignes où votre date n'est pas égale à cette valeur.