L'exécution d'une requête mysql à partir de phpmyadmin n'a modifié qu'un seul enregistrement. J'ai essayé ssh mais même problème

Il manque une clause GROUP BY à votre requête SELECT. Vous voulez probablement dire :

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name