Je ne vois pas pourquoi vous auriez besoin de supprimer l'index. Créez-le simplement une fois sur le rowid s'il n'est pas déjà défini comme clé primaire sur chacune de ces tables, auquel cas il est déjà indexé.
Enfin au lieu de supprimer puis de réinsérer des données, vous pourriez peut-être si possible faire une mise à jour qui serait globalement plus rapide.
