Vous devez ajouter l'annotation @JoinColumn(name ="ID Column Name") avec l'annotation @ManyToOne ou @OneToMany comme ZaoTaoBao l'a mentionné. Cette annotation détermine le nom de la colonne qui doit être utilisée comme FK.
Reportez-vous à ce lien pour plus de détails :http://docs .oracle.com/javaee/6/api/javax/persistence/JoinColumn.html