1. N'utilisez pas file() sauf si vous voulez vraiment les données ligne par ligne. file_get_contents() est mieux.
2. $query==file($file_name); Je ne pense pas que vous vouliez faire une comparaison ici.
3. mysql_query n'exécutera jamais qu'une seule requête à la fois. Vous devrez trouver un moyen de séparer vos requêtes dans le fichier et de les exécuter une par une.