Le même problème m'est arrivé à cause d'un schema_filter dans ma configuration. Mon fichier doctrine.yaml (Symfony 4) comportait les éléments suivants :
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
J'ai dû simplement ajouter "migration_versions" au filtre de schéma comme ceci :
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~