Flask-MySQL utilise MySQL-Python, qui ne prend pas en charge Python 3, et il y a eu un question ouverte à ce sujet depuis plus d'un an. Utilisez plutôt Flask-MySQLdb, qui utilise MySQLclient.
pip install flask-mysqldb
Ou utilisez SQLAlchemy, une interface beaucoup plus puissante pour travailler avec des bases de données.
pip install flask-sqlalchemy mysqlclient