D'après votre question, je suppose que vous pouvez parfaitement travailler avec votre base de données, mais cette erreur se produit souvent après un certain temps de connexion...
Supposons que vous utilisez node-mysql
Source :https://github.com/felixge/node-mysql #gestion des erreurs
Votre erreur met fin à votre connexion à la base de données :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
À partir de là, vous pouvez vérifier l'état de la connexion et effectuer une reconnexion si nécessaire.
Vous pouvez également essayer de vous connecter manuellement à votre service mysql et de modifier le délai d'expiration de la requête :
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 13/04/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/