Il est fort probable que la mise en réseau soit désactivée, cela signifie que le serveur mysql communique avec les clients via des sockets UNIX et non via TCP/IP. Vous pouvez vérifier cela en exécutant le client mysql et exécuter la commande "status". Si vous y voyez le numéro de port, alors votre serveur mysql communique via TCP/IP, ou bien vous verrez quelque chose comme "nom du chemin du socket…", récupérez le nom du chemin et donnez-le aux paramètres de connexion de node.js, par exemple
...socketPathname :'/opt/lampp/var/...',...
Vérifiez cela dans https://github.com/felixge/node-mysql page (recherchez "socketPathname")
J'espère que c'est votre problème.
