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executemany pour l'erreur MySQLdb pour un grand nombre de lignes

Vous pouvez essayer de définir le max_allowed_packet paramètre juste pour une session :

sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)

Si cela fonctionne, vous pouvez laisser le code tel quel ou modifier votre fichier my.cnf (sachant que cela résout le problème d'exécution).