Voici 3 possibilités :
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Les données n'ont jamais atteint la base de données en premier lieu. Quelque chose s'est passé ailleurs et les données ont disparu. Peut-être des problèmes de réseau intermittents, un serveur surchargé, un bogue d'application.
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Une transaction de base de données n'a pas été validée et a été annulée. Peut-être qu'un bogue dans le code de votre application, peut-être que des données invalides ont foiré, peut-être qu'une exception de concurrence s'est produite, etc.
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Un bogue dans mysql.
Je regarderais d'abord 1. et 2.