Ce que je fais habituellement est de stocker chaque ALTER TABLE s'exécutent sur la ou les tables de développement et les appliquent à la ou aux tables cibles chaque fois que nécessaire.
Il existe des moyens plus sophistiqués de le faire (comme des outils de comparaison de structure, etc.), mais je trouve que cette pratique fonctionne bien. Le faire manuellement étape par étape permet également d'éviter l'altération ou la destruction accidentelle des données par des modifications structurelles qui modifient le type ou la longueur maximale d'un champ.
