Pour résoudre cette erreur, j'ai mis ceci sur mon App.config :"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Pourquoi? Il est possible que les configurations ne trouvent pas l'emplacement de MySqlEFConfiguration.
J'utilise ici uniquement Mysql , je ne sais pas si cela fonctionne sur SQLServer et Mysql togueter.
Pour votre problème, ce lien peut être utile :Lien
Et vous pouvez avoir 2 fichiers configuration.cs séparés. Un pour MySql et autre pour MSSQL