Avez-vous pensé à utiliser la clause "IN" sur MySQL ?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Vous auriez probablement quelque chose comme :
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(modifier : oublié d'ajouter la parenthèse autour du contenu "in")