PDO Connect avec un mot de passe crypté ?

1) rendre le fichier accessible uniquement à www-data.

2) n'utilisez jamais un combo nom d'utilisateur/mot de passe qui a plus de privilèges que nécessaire (par exemple, pas d'octroi, de suppression, de création, etc., sélectionnez uniquement l'insertion)

3) faire en sorte que mysql n'accepte que les connexions de 127.0.0.1

Si quelqu'un a accès à votre boîte, vous avez plus de problèmes que de vous soucier du mot de passe de la base de données de vos applications.