Vous pouvez utiliser le DATE_FORMAT fonction dans vos sélections.
Pour la date :
'%Y-%m-%d'
Pour le temps :
'%H:%i:%s'
Donc quelque chose comme :
UPDATE `table`
SET `datetimecol` = CONCAT_WS(' ', DATE_FORMAT(`datecol`, '%Y-%m-%d'), DATE_FORMAT(`timecol`, '%H:%i:%s'))