Je vois que cette question est relativement ancienne, mais juste au cas où :
eCryptfs peut être considéré comme un système de fichiers, il vous suffit donc de le monter, puis de pointer votre MySQL datadir
au répertoire monté. Le seul inconvénient est qu'il ne semble pas prendre en charge O_DIRECT, mais je ne pense pas que MySQL l'utilise, n'est-ce pas ?