MySQL maintient un ensemble unique de tampons pour toutes les bases de données. En ce qui concerne les performances, peu importe que les tables soient dans des bases de données différentes.
Votre cas d'utilisation est limite, mais semble être un cas raisonnable pour agréger des données provenant de bases de données distinctes.
Je serais cependant prudent avec cette architecture. Si vos applications commencent à partager plus que quelques tables, demandez-vous si ces applications sont vraiment des applications distinctes, ou plutôt des modules d'une même application. Dans ce dernier cas, il serait logique pour moi d'avoir toutes les tables dans une seule base de données.
Si vous êtes préoccupé par la sécurité, veuillez noter que la plupart des droits d'accès peuvent être accordés sur une base par table (ou même par colonne) .