select project_id, service_id, count(*) as count
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc
Ajoutez simplement service_id à votre group by et select liste. Cela devrait le faire.
MODIFIER -
Selon le commentaire de @Rajah il semble que pour votre sortie attendue, vous devez utiliser
order by project_id asc, service_id asc
