Requête à sélection multiple PHP PDO supprimant systématiquement le dernier ensemble de lignes

Je pense que vous compliquez trop les choses avec votre boucle do/while.

Essayez plutôt une simple boucle while :

$pdo = /* connection stuff here */
$sql = "select 1; select 2; select 3; select 4;";
$statement = $pdo->query($sql);

while($rowset = $statement->fetchAll()){
    //do stuff

    $statement->nextRowset();
}

Cela continuera à boucler tant que l'ensemble de lignes n'aura pas de valeur fausse, ce qui devrait alors fonctionner exactement comme prévu.