Les statistiques de table (utilisées par EXPLAIN) sont basées sur des valeurs mises en cache par le système qui peuvent ne pas être exactes.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/fr/using-explain.html dit :
Ainsi, la version 'count()' de la requête sera exacte, car elle 'comptera' réellement les lignes existantes. La version 'explain' ne compte pas nécessairement vos lignes, mais peut utiliser une estimation/cache. Explique n'est pas destiné à être utilisé dans le code ou la production - c'est juste un outil pour vous aider à analyser vos requêtes.