Je préfère garder le tunnel dans le code python, je déteste créer des tunnels manuellement, ou séparément, grâce à la bibliothèque sshtunnel c'est très simple à utiliser.
Voici un exemple simple qui fonctionnera pour ce que vous voulez.
import MySQLdb
from sshtunnel import SSHTunnelForwarder
with SSHTunnelForwarder(
('sshhost.domain.com', 22),
ssh_password="sshpasswd",
ssh_username="sshusername",
remote_bind_address=('mysqlhost.domain.com', 3306)) as server:
conn = MySQLdb.connect(host='127.0.0.1',
port=server.local_bind_port,
user='user',
passwd='password',
db='dbname')