Vous devez installer python-dev :
sudo apt-get install python-dev
Et, puisque vous utilisez python3 :
sudo apt-get install python3-dev
Cette commande devrait vous aider.
Si vous utilisez mac os, vous pouvez essayer :
brew update && brew rm python3 && brew install python3
Vous devez brasser a déjà été installé, sinon vous pouvez l'installer. Il est très utile pour obtenir des packages sous Mac OS. http://brew.sh/