Les dates/heures sont stockées dans mysql de la même manière, quel que soit leur format.
Je crois que ce que vous voulez faire est de récupérer la date dans un format spécifié.
Le DATE_FORMAT() le fera pour vous.
http://dev .mysql.com/doc/refman/5.1/en/date-and-time-functions.html#function_date-format
%r et %T sont respectivement au format 12 heures et 24 heures.