La meilleure chose à faire est simplement d'inclure les 2 colonnes non auto-incrémentées dans le CSV, puis de définir explicitement la colonne ID sur NULL dans l'instruction load data infile.
Quelque chose comme ça :
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;