J'ai eu le même problème que le titre de cette question, donc au cas où quelqu'un d'autre googlerait cette question et voudrait démarrer MySql en mode 'skip-grant-tables' sous Windows, voici ce que j'ai fait.
Arrêtez le service MySQL via les outils d'administration, les services.
Modifier le fichier de configuration my.ini (en supposant des chemins par défaut)
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
ou pour MySQL version>=5.6
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
Dans la SECTION SERVEUR, sous [mysqld], ajoutez la ligne suivante :
skip-grant-tables
pour que vous ayez
# SERVER SECTION
# ----------------------------------------------------------------------
#
# The following options will be read by the MySQL Server. Make sure that
# you have installed the server correctly (see above) so it reads this
# file.
#
[mysqld]
skip-grant-tables
Redémarrez le service et vous devriez pouvoir vous connecter à votre base de données sans mot de passe.
