Juste au cas où quelqu'un s'en soucierait encore :
J'ai eu le même problème après avoir copié un répertoire de base de données directement à l'aide de la commande
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Si vous faites cela avec une base de données qui utilise InnoDB tables, vous obtiendrez cette folle erreur "la table n'existe pas" mentionnée ci-dessus.
Le problème est que vous avez besoin du ib* fichiers à la racine du répertoire de données MySQL (par exemple, ibdata1 , ib_logfile0 et ib_logfile1 ).
Lorsque je les ai copiés, cela a fonctionné pour moi.