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Requête :

SQLFIDDLEExample

SELECT t1.*
FROM lms_attendance t1
WHERE t1.time = (SELECT MAX(t2.time)
                 FROM lms_attendance t2
                 WHERE t2.user = t1.user)

Résultat :

| ID | USER |       TIME |  IO |
--------------------------------
|  2 |    9 | 1370931664 | out |
|  3 |    6 | 1370932128 | out |
|  5 |   12 | 1370933037 |  in |

Solution qui fonctionnera à chaque fois :

SQLFIDDLEExample

SELECT t1.*
FROM lms_attendance t1
WHERE t1.id = (SELECT t2.id
                 FROM lms_attendance t2
                 WHERE t2.user = t1.user            
                 ORDER BY t2.id DESC
                 LIMIT 1)