Mises à jour multiples dans MySQL

Oui, c'est possible - vous pouvez utiliser INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE.

En utilisant votre exemple :

INSERT INTO table (id,Col1,Col2) VALUES (1,1,1),(2,2,3),(3,9,3),(4,10,12)
ON DUPLICATE KEY UPDATE Col1=VALUES(Col1),Col2=VALUES(Col2);