Vous ne pouvez pas utiliser un paramètre dans une requête comme celle-là. Sans entrer dans la logique derrière cela, votre meilleure option est de concaténer la chaîne de requête avant de créer une requête
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
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Quant aux NamedQueries, elles sont compilées au démarrage de l'application, donc je ne pense pas qu'il existe un moyen de modifier l'entité cible (table) au moment de l'exécution.