Probablement, WebLogic Server Monitor verrouillait le fichier weblogic.jar, vous ne pouviez donc pas mettre à niveau le serveur.
J'ai eu le même problème et je l'ai résolu en passant à un nouvel espace de travail. Là, j'ai pu ajouter à nouveau le serveur et le mettre à niveau, sans être dérangé par le WebLogic Server Monitor.