J'ai résolu mon problème en modifiant le chemin de base. Ça marche bien.
Ma deuxième classe,
@ConditionalOnProperty(name = "embedded", havingValue = "true", matchIfMissing = true)
@Configuration
@EnableTransactionManagement
@EnableJpaRepositories(entityManagerFactoryRef = "dataSyncEntityManagerFactory", transactionManagerRef = "dataSyncTransactionManager", basePackages = {
"kgfsl.rms.datasync" })
public class JPADataSyncConfig {