Cela m'est arrivé sur certains scripts de longue durée qui ont généré de nouveaux index. La solution de contournement que nous avons utilisée consistait à utiliser :
update-database -Script
EF crache ensuite la migration SQL à l'écran, puis nous pouvions exécuter le SQL directement à partir du serveur afin qu'il n'y ait pas de problèmes de délai d'attente.