Il n'y a vraiment que deux options ici.
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Chiffrez les données que vous soumettez à votre requête de sélection. De cette façon, vous comparez deux valeurs cryptées différentes. Bien sûr, cela échouera si vous utilisez un sel.
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Ne cryptez pas les valeurs avant le stockage. Au lieu de cela, enregistrez-le normalement. Si elle doit vraiment être chiffrée, utilisez les méthodes de chiffrement disponibles dans SQL Server pour chiffrer automatiquement la colonne :http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms179331.aspx
Le but de votre cryptage est essentiellement de protéger les informations "au repos". Le serveur SQL peut le faire lui-même.