Résolu. Après avoir testé presque toutes les mesures de performances possibles et examiné chaque morceau de code, j'ai découvert que l'erreur était causée par un peu de code de base de données obsolète. Le problème principal était causé par le code utilisant :
SqlConnection.ClearPools;
Pour référence future, tous les autres développeurs cherchant à déboguer leur code et à gérer les pools de connexion, une excellente ressource peut être trouvée ici :http://www.codeproject.com/KB/dotnet/ADONET_ConnectionPooling.aspx
