Au cas où quelqu'un d'autre tomberait sur ce problème :
Il semble qu'il existe une option pour le faire en 2008 ; ce n'était pas évident pour moi parce que la base de données a été mise à jour à partir de 2005 où je ne pense pas que ce soit une option.
La première chose à faire est de définir le niveau de compatibilité jusqu'à 2008 :
ALTER DATABASE [MyDatabase] SET COMPATIBILITY_LEVEL = 100
Ensuite, lors de la création de l'index de texte intégral via l'assistant, une étape vous permet d'ignorer les mots vides pour l'index
edit :Voici le script pour le faire également :
ALTER FULLTEXT INDEX ON MyTable SET STOPLIST = OFF
