Enfin "résolvez" le problème de compilation à partir de la source postgis 2.2.2 (qui nécessite également gdal, proj4 et geos) puis émission
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
depuis DROP EXTENSION postgis;
me dit que postgis n'était plus présent.
Et enfin :
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
J'ai à nouveau accès à mes données et fonctions geom à partir de PostgreSQL 9.4. Il semble que la compilation à partir de la source a correctement mis à jour le chemin de la variable pour postgresql et installé /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.so qui n'était plus présent (pour postgis-2.1.so également), même avec (ré)installation depuis apt-get.
J'espère que cela vous aidera.