Comme Justin l'a mentionné, vous pouvez utiliser put_assoc pour faire ça, donc du haut de ma tête, je pense que quelque chose comme ça devrait fonctionner.
comment_changeset =
article
|> Ecto.build_assoc(:comment)
|> Ecto.Changeset.change()
|> Ecto.Changeset.put_assoc(:user, user)
