Cela doit être dû au fait que vous installez psycopg2 dans votre installation python au niveau du système et non dans votre virtualenv.
sudo apt-get install python-psycopg2
l'installera dans votre installation python au niveau du système.
Vous pouvez l'installer dans votre environnement virtuel en
pip install psycopg2
après avoir activé votre virtualenv ou vous pouvez créer votre virtualenv avec --system-site-packages flag pour que votre virtualenv ait déjà des packages disponibles dans votre python au niveau du système.
virtualenv --system-site-packages test
où test est votre environnement virtuel.
