Comme mentionné dans les commentaires, vous pouvez utiliser mysqldump de la manière suivante.
mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql
Si vous voulez que cela soit dans votre fichier php, vous pouvez faire ce qui suit
exec('mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql');