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MySQL ne fonctionne qu'avec :skip-grant-tables

Assurez-vous de vider les privilèges :

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'root'@'%' WITH GRANT OPTION;
FLUSH PRIVILEGES;

À partir de la documentation :

PRIVILÈGES FLUSH

Recharge les privilèges des tables de droits dans la base de données mysql.

Le serveur met en cache les informations en mémoire à la suite des instructions GRANT et CREATE USER. Cette mémoire n'est pas libérée par les instructions REVOKE et DROP USER correspondantes, donc pour un serveur qui exécute de nombreuses instances des instructions qui provoquent la mise en cache, il y aura une augmentation de l'utilisation de la mémoire. Cette mémoire cache peut être libérée avec FLUSH PRIVILEGES.