Voici la réponse au cas où quelqu'un chercherait et trouverait la page.
L'erreur a été causée par d'anciennes données se trouvant dans le cache du navigateur et dans les cookies. J'ai nettoyé le cache de mon navigateur, supprimé tous les cookies de domaine et les cookies de session et tout a disparu.
J'ai rencontré un horrible bug dans la configuration des fonctionnalités avancées :
Les scripts de construction de table appellent à la création de tables de la forme "pma__tablename" tandis que le script de configuration veut charger des tables de la forme "pma_tablename". La différence n'est pas évidente, mais le script sql du fichier de construction comporte deux traits de soulignement. PhpMyAdmin se plaindrait que la table existait déjà et ne la construirait pas. Ça m'a rendu fou jusqu'à ce que je trouve un message à cet effet.
J'ai fait une recherche pour "pma__" et j'ai tout remplacé par "pma_" et j'ai exécuté le script de construction des tables et tout s'est installé.
PhpMyAdmin 4.3.6 fonctionne désormais correctement sur mon système local.
Désolé pour la fausse alerte, mais le message d'erreur m'a envoyé dans la mauvaise direction.
